E-fatura başvurusu öncelikle,efatura.gov.tr adresi üzerinden yapılmaktadır. Mükellef olan firma, kendisine gönderilen linkteki alanlara gerekli bilgileri doldurur. Bilgiler doldurulduktan sonrasında, özel e-fatura entegratörü tarafından bilgiler kontrol edilir ve bir sorun yoksa, özel entegratör mükellef firmaya e-fatura için aktivasyon linki gönderir.